JR九州は9月5日、大型で強い台風11号が9月5～6日に九州北部に接近することを受けた運行計画を発表した。
9月5日12時45分時点で、在来線特急では減便が始まっており、各線区では次のように運休が決まっている。
■鹿児島本線
川内～鹿児島中央間が19時頃から。
■豊肥本線
宮地～中判田間が18時頃から。
■三角線（宇土～三角）
19時頃から。
■久大本線
日田～向之原間が18時頃から。
■大村線（早岐～諫早）
21時頃から。
■指宿枕崎線
山川～枕崎間が16時頃から。
■肥薩線
吉松～隼人間が20時頃から。
■吉都線（都城～吉松）
20時頃から。
■日南線（田吉～志布志）
始発から終日運休。
翌9月6日は、始発から減便して運行する鹿児島本線玉名～八代間、日豊本線延岡～南宮崎～西都城間、豊肥本線熊本～肥後大津間、宮崎空港線（田吉～宮崎空港）を除いて始発から運行を見合わせ、日南線は終日運休となる。
また、9月5日は通常運行となっている九州新幹線も、9月6日は博多～熊本間が始発から運行を見合わせ、熊本～鹿児島中央間は減便される。
JR九州以外では、次のような運行計画となっている。
■西日本鉄道（西鉄）
9月5日は天神大牟田線、貝塚線が21時から順次運行見合せ。9月6日は始発から運行見合せ。
■筑豊電気鉄道（筑豊電鉄）
9月5日は終日運休。9月6日から始発から運行見合せ。
■福岡市営地下鉄
9月6日は計画運休を実施する場合あり。
■北九州高速鉄道（北九州モノレール）
9月6日は遅延が発生する可能性あり。
■平成筑豊鉄道
9月6日は始発から運行見合せ。
■甘木鉄道
9月6日は始発から運行見合せ
■島原鉄道
9月5日は上り島原港発が19時50分から、下り諫早発が20時59分から、上り本諫早発が20時51分から運休。9月6日は始発から全線で運行を見合せ。
■松浦鉄道
9月5日は17～18時を目途に運行見合せ。9月6日は始発から運行見合せ。
■長崎電気軌道
9月5日は20時40分頃から運行見合せ。9月6日は始発から運行見合せ。
■肥薩おれんじ鉄道
9月5日は16時台から順次、9月6日は始発から運行見合せ。
