原告側はまた、東京都側の対応を「信義則違反」として処分の無効を主張した。「京都市のバイオディーゼル燃料や、通産省（当時）が導入したメタノール燃料は非課税だったのに、何で我々だけ課税されるのか。販売前に東京都の担当者へ相談へ行ったが、課税されるとの明確な回答はなかった」と言う。
判決では「“明確な回答はなかった”ため、販売に踏み切ったのは原告側の判断に過ぎない」とし、「信義則に違反するに足りる事情であるとは言い難い」とした。
炭化水素分が含まれるメタノール燃料については「ガイアックスが少なくとも30％以上の炭化水素分を含むのにたいし、メタノール燃料はわずか0.9％に過ぎず、むしろ炭水化物が不純物として混入しているべきと見るべきである」との見解を示した。
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