ブラウンGP、ジェンソン・バトンの2戦連続となるポールポジション獲得で幕を開けた2009年マレーシアGP。レースは途中から降り出した激しい雨のために赤旗終了となった。今回のレースは規定周回数に達しなかったため、ポイントはハーフポイントとして扱われる。
燃料を多めに積んだ状態でレースをスタートさせたバトン。スタート直後は4番グリッドスタートのニコ・ロズベルグ（ウィリアムズ）に先行を許したが、ライバルたちがピットに入った間にトップの座を奪還する。
20周目すぎに降り出した雨は徐々に激しさを増し、30周目にはフルウェットでも走行が危険なほどに状況が悪化。結局セーフティーカーが入った後、レースは赤旗中断となった。最終的に雨はあがったものの、約50分間の中断により、夕方スタートだったセパンに暗闇が迫る。結局レースはそのまま31周で終了となった。
バトンはこれで2連勝。2位にはニック・ハイドフェルド（BMWザウバー）、3位にはトヨタのティモ・グロックが入った。グロックのチームメイト、ヤルノ・トゥルーリは4位、ルーベンス・バリチェロ（ブラウンGP）5位と、開幕戦同様にブラウンGPとトヨタ勢が上位を占めた。
開幕戦オーストラリアで失格となったマクラーレンはルイス・ハミルトンの7位が最高。さらにいち早くウェットタイヤに履き替えるという賭けに出たフェラーリだったが、ギャンブルに失敗したフェラーリ勢は、フェリペ・マッサ9位、キミ・ライコネン14位とまたしても下位に沈んだ。ウィリアムズ・トヨタの中嶋一貴は12位に終わっている。
