NEXCO西日本関西支社は第二京阪道路の2か所の料金所で、ETC時間帯割引と、第二京阪道路の走行時に適用されるETC特別割引が実施されずに課金された利用者がいると発表した。該当する料金所は、門真本線料金所と京田辺本線料金所（上り）。
門真本線料金所での障害は、3月20日 - 4月23日に車両検知器の故障が断続的に発生した。一部の車両でETC無線通信による課金ができず門真本線料金所の通過情報がないために、ETC時間帯割引とETC特別割引が適用されずに課金されている。
京田辺料金所での障害は、2010年4月29日15時51分頃にETC無線設備に故障が発生、16時09分頃 - 19時41分頃にETCレーンを閉鎖した。
その前の15時51分 - 16時09分の間にETCレーンを通過した車両について、ETC時間帯割引・ETC特別割引が適用されずに課金された。またETCレーン閉鎖に伴い一般レーンを通過した車両も、ETCカードの機械処理ができず、出口料金所でETC時間帯割引とETC特別割引が適用されずに課金されている。
カード会社からは割引が適用されない状態で請求されるが、後日、利用者のカード口座などに返金すると、NEXCO西日本関西支社では説明している。
