第2戦マレーシアGPは、レッドブル同士の激しいバトルの末にセバスチャン・ベッテルが優勝した。レッドブルのペアは、レース終盤には接触寸前のバトルを繰り返したが、最後に前に出たのはベッテルだった。
このマレーシアで優勝を狙っていたフェルナンド・アロンソは、スタート直後のベッテルとの競り合いでウイングを破損し、2周目のストレートエンドでコントロール不能となってリタイアした。ベッテルとウェーバーは早々にワンツー体制を形成するが、ピットストップで順位が入れ替わった。レース中盤はベッテルが頻繁にウェーバーにプレッシャーを加えるようになり、その隙を狙ってメルセデスの2台が間合いを詰めていった。
ベッテルはウェーバーに道を譲らせるようチームに要求したが、ウェーバーはお構いなしにリードを拡大する。3度目のピットストップを終えた時点でベッテルはハミルトンの後方3番手にポジションを落したが、すぐに2番手を奪還する。
ウェーバーに追いついたベッテルはホイールを接触させんばかりのバトルを2ラップほど繰り返した頃に、渾身のオーバーテイクをベッテルが仕掛けてマレーシアGPの優勝を奪い取った。
また、この日のレースはピットレーンのトラブルが頻発した。ハミルトンは古巣のマクラーレンのピットに滑り込むという珍しいエラーを演じ、フォースインディアが2台ともホイールナットトラブルのためにリタイア、シャルル・ピック（ケータハム）とジャンエリック・ベルニュ（トーロロッソ）はピットストップ中に接触事故を演じている。
2013 Rd.2 マレーシアGP レース結果
1. ベッテル（レッドブル）
2. ウェーバー（レッドブル）+4.298
3. ハミルトン（メルセデスAMG）+12.181
4. ロズベルグ（メルセデスAMG）+12.640
5. マッサ（フェラーリ）+25.648
6. グロージャン（ロータス）+35.564
7. ライコネン（ロータス）+48.479
8. ヒュルケンベルク（ザウバー）+53.044
9. ペレス（マクラーレン）+72.357
10. ベルニュ（トーロロッソ）+87.124
11. ボッタス（ウィリアムズ）+88.610
12. グティエレス（ザウバー）1lap
13. ビアンキ（マルシャ）1lap
14. ピック（ケータハム）1lap
15. ヴァンデルガルデ（ケータハム）1lap
16. チルトン（マルシャ）2lap
17. バトン（マクラーレン）DNF
18. リチャルド（トーロロッソ）DNF
19. マルドナド（ウィリアムズ）DNF
20. スーティル（フォースインディア）DNF
21. ディレスタ（フォースインディア）DNF
22. アロンソ（フェラーリ）DNF
ファステストラップ ペレス（マクラーレン）1'39.199
