出火事故の影響で特急列車の減便が続いているJR北海道は9月4日、ダイヤ改正を11月に実施すると発表した。最高速度と運転本数を見直すことで「余裕を生み出しメンテナンス体制の強化」を行うとしている。
発表によると、これまで130km/hだった道内の特急列車の最高速度を引き下げる。札幌～函館間『スーパー北斗』『北斗』と札幌～帯広間『スーパーとかち』、札幌～稚内間『スーパー宗谷』、札幌～旭川間『スーパーカムイ』、札幌～東室蘭間『すずらん』は10km/h引き下げて120km/hに。札幌～釧路間『スーパーおおぞら』は20km/h引き下げて110km/hとする。札幌～新千歳空港間の快速『エアポート』も10km/h引き下げて120km/hにする。
これにより、平均所要時間は『スーパー北斗』『北斗』が札幌～函館間で9分伸びて3時間30分、『スーパーおおぞら』が札幌～釧路間で20分伸びて4時間11分になる。それ以外の列車も1～6分伸びる。
定期列車の運転本数は、出火事故を起こした車両と同型の車両の使用を見合わせている『スーパー北斗』『北斗』が6往復減の5往復に。『スーパーおおぞら』『スーパーカムイ』も1往復減らし、それぞれ6往復、23往復とする。札幌～稚内間の『サロベツ』1往復は引き続き運転を見合わせる。
大幅な減便となった『スーパー北斗』『北斗』について、JR北海道は「原因を究明のうえ必要な対策を実施」後、車両の使用を再開して9往復とし、『サロベツ』も運転を再開するとしている。
一方、新青森～函館間の特急『スーパー白鳥』『白鳥』（最高速度140km/h）と、札幌～網走間の特急『オホーツク』（110km/h）は、最高速度と運転本数ともに変更しない。『サロベツ』（120km/h）も運転再開となった場合は運休前の最高速度と本数で運転する。
