国土交通省はJR北海道に対し、2度目の改善指示を10月25日に行ったが、このなかで、特急列車の自動列車停止装置（ATS）が作動しない状態で運行していたトラブルに対応するため、開いておくべきコックの固縛と車内機器室の封印を行うよう命じた。
このトラブルは、10月7日の定期検査で明らかになったもの。本来「開」になっているべき電磁給排弁非常吐出締切コックが「閉」となり、ATSが作動しない状態となっていた。このため改善指示では、このコックを固縛し、運転室下にあるコックの設置機器室を封印し、車両の運用段階の検査の際にもこれらの状況を確認するよう求めた。
このほか、毎年度の予算編成に当たり、安全確保のための現場からの要望が十分考慮されていなかったとして、現場からの提案をよく聞いて予算編成を行うよう指示した。保安監査のなかで行った幹部ヒアリングで、レール幅を計測する機器や枕木材料などの購入について、現場の意見を聞く時間が不十分だったと判断した。
