アイソン彗星を航空機の機内から鑑賞するツアーについて、観測できない可能性が高いことから、航空会社各社は中止にした。
全日本空輸（ANA）もANAセールスともに12月7日、8日出発「ANAチャーターフライトで空の上からアイソン彗星を見よう！」ツアーを計画していたが中止した。
ANAでは、「アイソン彗星の消滅の可能性」についてツアー企画で協力していた国立天文台の渡部潤一副台長が「近日点通過後、アイソン彗星は核と思われるような構造がほとんどなくなり、上空からでも尾の視認はかなり難しい」との見解を表明、渡部潤一副台長と協議した結果、ツアーを中止することにした。
日本航空は12月8日に羽田空港発のチャーター機を使った「アイソン彗星を空から眺めよう」ツアーを計画していたが中止した。
スカイマークとH.I.S.も「スカイマークチャーターフライトで行く神秘のアイソン彗星を空の上から眺めてみよう」ツアーを中止した。
