JR九州のダイヤ改正では、特急『有明』の熊本発着がなくなるほか、福岡・北九州都市圏の鹿児島本線で準快速・快速の停車パターンが整理される。新幹線では『さくら』の全列車が新鳥栖・久留米の両駅停車となる。
■新幹線
現在は1日5往復運転されている山陽・九州新幹線新大阪～鹿児島中央間の『みずほ』は6往復に。『さくら』として運転されている1往復を『みずほ』に変更し、『みずほ604号』（鹿児島中央8時56分発）、『みずほ607号』（新大阪16時59分発）として運転する。
『さくら』は停車パターンを変更。現在は多くの列車が新鳥栖・久留米のどちらかに停車しているが、全列車が両駅停車となる。また、筑後船小屋・新大牟田・新玉名駅に『さくら』が停車する時間帯を、現在の上り朝・昼各1本、下り夕方1本から上り朝2本と下り夜1本に変更する。
一方、博多～熊本間運転の『さくら』が消滅するなど一部の列車が削減され、九州新幹線全体の運転本数は現在の1日137本から125本に減少する。
■在来線特急
博多～長崎間の『かもめ』のうち、787系で運転している列車を現在の6両から1両増結し、7両編成とする。また、博多19時15分発の『かもめ103号』佐賀行きを増発する。
787系『かもめ』の7両編成化により、同形式で運転している一部の『みどり』『きらめき』『有明』も7両編成となる。また、783系4両編成で運転している博多～佐世保間の『みどり1号・10号』も1両増結し、5両編成に変更する。
『有明』は運転区間・本数ともに縮小。現在は熊本・長洲～博多・吉塚間で運転されているが、熊本発着を廃止し、本数も現在の上り3本・下り4本から上り2本・下り3本に減らす。
門司港・小倉～博多間の『きらめき』も減便し、現在の1日あたり上下31本から25本となる。
■在来線
鹿児島本線では、小倉～博多間で準快速・快速列車の停車パターンを見直す。現在は折尾～赤間間が各駅停車となっている準快速を、小倉～福間間各駅停車に変更。小倉～福間間を各駅停車として運転している快速も準快速に統合し、快速・準快速・普通の3パターンとする。
熊本周辺の鹿児島本線では、快速『くまもとライナー』上下11本が新たに西里駅に停車する。指宿枕崎線では、快速『なのはな』上下6本が新たに五位野駅に停車する。
そのほか、久大本線・長崎本線・日豊本線・豊肥本線で列車の増発や延長運転が行われる。また、これら以外にも各線で、利用状況に合わせて普通列車の運転本数を見直すとしている。
