太田昭宏国土交通相は5月30日の閣議後会見で、北朝鮮による拉致被害者の調査実施が合意され、制裁措置が解除されることについて「万景峰号については（入港を）認めない。制裁解除に入っていないと官房長官も明言しており、その通りだ」と述べ、万景峰号の入港は認めない考えを示した。
拉致被害者等を含む全ての日本人に関する包括的で全面的な調査を実施することが日朝両政府間で合意されたことについては「評価できる」と述べ、調査が開始された時点で制裁措置の一部が解除されることについて太田国交相は「人道目的の北朝鮮籍船舶の入港禁止措置を解除することになる。医薬品などになると思うが、具体的なことについては政府で合意形成し、詰めていくことになる」と述べた。
