ボストンマラソンの爆破テロ事件を教訓に、警備対策強化も図られた東京マラソン2016。フィニッシュエリアでは、手荷物検査の列に並ぶ人たちから「友だちがゴールする瞬間を見にきたのに間に合わない」という不満や、「事故防止のためなら仕方ない」といった声が聞こえた。
新宿をスタートして3時間が経ったころ、ゴール地点の東京ビッグサイトは、出場している仲間のフィニッシュを見届けようとする人たちで混雑し、金属探知機による手荷物検査が行われるゲートの前には長だの列ができていた。
「銀座で『がんばれーっ』って声かけて、電車でビッグサイトに先回りして、ゴールで写真とってあげようとしたのに」という50代の女性は、「もう、間に合わない。空港なら優先的に（ゲートに）入れてくれたり、飛行機が少し待ってくれるかもしれないけど、走ってる人は待ってくれない」とこぼしていた。
ことしはフィニッシュエリアの金属探知機を10台増加し、スタートで50台、ゴールで20台の合計70台で手荷物検査にあたった。持ち込み制限については、空港のセキュリティチェックと同様、スプレー缶や飲料、カッターナイフ、はさみ、工具などの持ち込みが禁止されている。没収ボックスのなかには、ライターやはさみ、飲みかけのペットボトルなどが詰まっていた。
この検査ゲートでは、空港と同様に身につけている財布や携帯電話、腕時計などをはずしてトレーに入れ、さらにコートなどの上着類は前部を開いてゲートを通過しなければならない。現場スタッフは、「テロ対策のためにも入念なチェックが要る。今後はチェック項目をさらに増やすいっぽうで、通過時間や手間などを省く対策を、東京オリンピックに向けて施していきたい」と話していた。
