熊本県益城町で震度7の揺れを観測した地震の影響で、JR九州は現在も九州新幹線など一部の鉄道路線で運転を見合わせている。
国土交通省とJR九州の発表によると、回送列車が脱線した九州新幹線は、現在も全線で運転を見合わせている。運輸安全委員会は事故調査官を現地に派遣した。
JR在来線は、鹿児島本線が宇土駅までの運転を再開。博多～熊本間の鉄道ルートが確保された。三角線も運転を再開している。
熊本市交通局の市電や熊本電気鉄道は、4月15日の初発から運行を再開しているが、両社局とも余震の状況によってはダイヤが乱れる可能性もあるとしている。
南阿蘇鉄道は阿蘇下田ふれあい温泉駅で瓦が線路に落下したが、既に撤去された。
4月15日18時30分までにまとめた運休区間は以下の通り。
●JR九州
九州新幹線 博多～鹿児島中央 ※全線
鹿児島本線 宇土～八代
豊肥本線 熊本～宮地
肥薩線 八代～吉松
●肥薩おれんじ鉄道
肥薩おれんじ鉄道線 八代～肥後高田
●南阿蘇鉄道
高森線 立野～高森 ※全線
