熊本県を中心とした地震の影響で、4月17日も熊本県や大分県を中心に一部の鉄道路線で運転の見合わせが続いている。
JR九州が同日6時時点の情報として伝えているところによると、九州新幹線は引き続き、博多～鹿児島中央間全線の運転を終日見合わせる。在来線の特急列車や観光列車は、『有明』『A列車で行こう』『あそぼーい！』『SL人吉』『いさぶろう・しんぺい』『ゆふ』『ゆふいんの森』『九州横断特急』の運転を終日見合わせる。『ソニック』『にちりん』は10時頃から本数を減らして運転する。
快速・普通列車は、立野～赤水間で土砂崩れが被害が発生した豊肥本線で熊本～豊後竹田間の運転を終日見合わせるほか、鹿児島本線の荒尾～熊本～八代間、肥薩線の八代～吉松間、三角線の宇土～三角間、久大本線の日田～向之原間でも終日運転を見合わせる。日豊本線の小倉～延岡間や久大本線の向之原～大分間、豊肥本線の豊後竹田～大分間、鹿児島本線の門司港～荒尾間では、本数を減らして運転する。
JR以外の各社局で終日運転見合わせを発表しているのは、熊本市交通局（熊本市電）と熊本電気鉄道、南阿蘇鉄道、くま川鉄道。肥薩おれんじ鉄道は八代～肥後高田間のみ運転を見合わせている。
国土交通省の発表によると、熊本市電では軌道上の歩道橋照明灯の倒壊や軌道破断の被害が発生した。熊本電鉄でもホームの損壊や軌道のずれなどの被害が発生している。
このほか、園内にケーブルカーがある大分県別府市内の遊園地「別府ラクテンチ」も、4月16日から地震の影響により臨時休園している。
4月17日6時までにまとめた運休区間は以下の通り。
JR九州 九州新幹線 ※全線
JR九州 鹿児島本線 荒尾～八代
JR九州 豊肥本線 熊本～豊後竹田
JR九州 肥薩線 八代～吉松
JR九州 三角線 ※全線
JR九州 久大本線 日田～向之原
熊本市交通局 幹線 ※全線
熊本市交通局 水前寺線 ※全線
熊本市交通局 健軍線 ※全線
熊本市交通局 上熊本線 ※全線
熊本市交通局 田崎線 ※全線
肥薩おれんじ鉄道 肥薩おれんじ鉄道線 八代～肥後高田
熊本電気鉄道 菊池線 ※全線
熊本電気鉄道 藤崎線 ※全線
南阿蘇鉄道 高森線 ※全線
くま川鉄道 湯前線 ※全線
岡本製作所 別府ラクテンチケーブル線 ※全線
