国土交通省や鉄道各社局などの発表によると、熊本地震の影響で運休中の鉄道路線は、4月19日17時50分時点で535.0km（営業距離ベース）。運休区間は以下の通り。
●JR線
JR九州 九州新幹線 博多～鹿児島中央（※全線） 288.9km
JR九州 鹿児島本線 熊本～八代 35.7km
JR九州 豊肥本線 肥後大津～豊後竹田 65.4km
JR九州 肥薩線 八代～吉松 86.8km
JR九州 三角線 宇土～三角（※全線） 25.6km
●私鉄・公営・第三セクター
熊本市交通局 健軍線 神水・市民病院前～健軍町 1.5km
熊本電気鉄道 菊池線 上熊本～北熊本～御代志（※全線） 10.8km
熊本電気鉄道 藤崎線 北熊本～藤崎宮前（※全線） 2.3km
南阿蘇鉄道 高森線 立野～高森（※全線） 17.7km
岡本製作所 別府ラクテンチケーブル線 雲泉寺～乙原（※全線） 0.3km
JR九州は、豊肥本線の電化区間である熊本～肥後大津間の運転を再開した。土砂災害が発生した立野～赤水間を含む非電化区間は、肥後大津～豊後竹田間で引き続き運転を見合わせている。
同社が発表（4月19日18時）した20日の運行計画によると、鹿児島本線熊本～八代間、豊肥本線肥後大津～豊後竹田間、肥薩線八代～吉松間、三角線宇土～三角間の運転を終日見合わせる。久大本線の恵良～引治・野矢～由布院・南由布～湯平各区間では、徐行運転を行う。
鹿児島本線荒尾～熊本間と豊肥本線熊本～肥後大津間も、一部の区間で徐行運転を行うため、大幅な遅れが発生するという。特急列車や観光列車は、『いさぶろう・しんぺい』『九州横断特急』の運転を終日見合わせる。
熊本市交通局は、神水・市民病院前～健軍町間を除き、市電の運行を再開した。ただし同局は「安全確保のため徐行運転を行うことから時刻表どおりの運行ができません」としている。
一方、4月18日から上熊本～北熊本間を除き運転を再開した熊本電気鉄道は、送電トラブルが発生。4月19日は初発から運転を見合わせている。
