JR九州は7月31日、クルーズトレイン『ななつ星in九州』の運行ルートを8月22日出発分から変更すると発表した。九州北部豪雨の影響で久大本線の光岡～日田間（大分県日田市）が不通となっていることから、同線を運行ルートから外す。
3泊4日コースは、2日目を除き大幅に変更。博多駅から時計回りで鹿児島本線、日豊本線、肥薩線、鹿児島本線を経由して博多駅に戻るルートになる。久大本線や豊肥本線、肥薩おれんじ鉄道線は通らない。1泊2日コースは博多駅から長崎方面に向かう1日目が現在と同じだが、2日目は八代方面を往復して博多駅に戻る。JR九州は当面、2018年2月末までは、この計画で運行するとしている。
『ななつ星』の3泊4日コースは当初、博多～由布院～大分～鹿児島～阿蘇～博多間のルートで運行しており、豊肥本線の阿蘇駅には『ななつ星』利用客に食事を提供するレストラン「火星」が整備された。しかし、2016年4月の熊本地震の影響で豊肥本線が一部不通となったため、現在は豊肥本線に入らないルートに変わっている。
今年5月には、3泊4日コースを2018年3月中旬から豊肥本線や肥薩線を通るルートに変更することが発表されていた。久大本線の全線復旧は2018年夏の見込みで、少なくとも2018年の3月中旬から夏頃までは今年5月発表時のルートで運行される可能性が低くなっている。
