JR西日本は7月18日、平成30年7月豪雨に伴なう同日以降の運行計画を発表した。
7月18日は、山陽本線福山～三原間と因美線用瀬（もちがせ）～智頭（ちず）間で運行が再開されたが、7月19日は舞鶴線西舞鶴～東舞鶴間、7月21日は山陰本線益田～東萩間で運行が再開される見込みとなった。これにより舞鶴線と山陰本線は全線で運行再開となる。
また、伯備線豪渓～上石見間については8月中旬の運行再開が見込まれている。
バス代行については、7月19日から伯備線で開始されるほか、姫新線上月（こうづき）～新見間、因美線津山～智頭間、芸備線新見～備後落合間でも実施される計画となっている。
JR西日本以外の路線でもバス代行が行なわれており、7月18日は、岡山県の井原鉄道総社～三谷間で開始。錦町～北河内（きたごうち）間で運行を再開した山口県の錦川鉄道でも、北河内～岩国間で開始されている。
一方、高山本線が一部被災しているJR東海は、7月18日に飛騨金山～下呂間が8月半ばに運行を再開する見込みと発表。高山本線を通過する特急『（ワイドビュー）ひだ』も、同区間の復旧を機に一部の列車が運行を再開する予定。
高山本線ではこのほか、坂上～猪谷間で運転を見合わせているが、盛土や線路設備などの被害が大きく、運行再開までには数ヶ月を要する見込みとされている。
山陽本線東福山～新南陽間、伯備線倉敷～伯耆大山間、予讃線宇多津～松山間で貨物列車の運行を中止しているJR貨物は、山陽本線新南陽～福岡貨物ターミナル間に1往復の貨物列車を運行。
岡山貨物ターミナル～広島貨物ターミナル間、広島貨物ターミナル～北九州貨物ターミナル・福岡貨物ターミナル間、岡山貨物ターミナル～新南陽間では、滞っている貨物を優先してトラックによる代行輸送を実施。
北九州貨物ターミナル～東水島間と福岡貨物ターミナル～百済（くだら）貨物ターミナル間では船舶による代行輸送も実施している。
