JR西日本では、厚生労働省が2月25日に発表した「新型コロナウイルス感染症対策の基本方針」に基づき運行の可否を検討したが、感染拡大の状況を踏まえると、「サービスをお客様に提供することが困難である」と判断。「お客様の安心安全を第一」として運行自粛を決めた。
運行中止となる列車は、2月29日発の山陰下りコース、3月6日発の山陽下りコース、3月11日発の山陽・山陰（周遊）コース、3月14日発の山陰下りコース、3月16日発の山陰上りコースで、3月18日以降の運行については後日アナウンスされる。
JR西日本では「『TWILIGHT EXPRESS 瑞風』の旅を楽しみにされていたお客様ならびに『TWILIGHT EXPRESS 瑞風』を応援いただいている皆さまにはご迷惑をおかけいたしますこと、何卒ご理解のほどよろしくお願い申し上げます」として、お詫びのアナウンスを行なっている。
