JR九州は3月13日、新型コロナウイルスの感染拡大に伴なう今後の運行計画を発表した。
それによると、3月20日から4月5日まで特急の臨時列車で運休措置が採られ、期間中は九州新幹線で19本、長崎本線の『かもめ』で49本、大村線直通の『ハウステンボス』で112本、日豊本線の『にちりん』で10本が運休する。
また、中津～博多間の『きらめき93号』は、3月20～22・28・29日、4月4・5日に小倉始発に変更される。
一方、3月31日出発分までの運休が決まっていたクルーズトレインの『ななつ星in九州』については、4月14日出発分まで運休することになった。
大村線へ直通する特急『ハウステンボス』は、JR九州の在来特急最多の112本が運休する。JR九州ではこれらの列車以外も運休を検討しており、政府の方針などによっては、4月18日出発分以降の『ななつ星in九州』についても運行計画が変更になることがあるとしている。