JR九州は5月19日、新型コロナウイルスの影響による6月中の在来線減便計画を発表した。
それによると、「かもめ」「みどり」「にちりん」などの在来線特急については合計2386本、「ゆふいんの森」「SL人吉」「あそぼーい！」などの観光向け列車（D&S列車）については合計802本が運休し、7月以降運行分の指定席発売も見合せとなる。
一方、一部が運休していた快速、普通列車については「緊急事態宣言の解除を受け、学校等が再開された」として、6月1日から通常運行となる。
このほかJR東日本では、5月28日以降に運行する各新幹線や中央、常磐線特急の指定席発売を5月21日から開始するとしていたが、これを延期すると発表。北海道新幹線や北陸新幹線のJR西日本エリア（上越妙高～金沢）についても同様となる。
