7月3日以来九州を襲った記録的豪雨は、7月8日未明には西日本を経て東日本へ波及し、気象庁は岐阜県と長野県に大雨特別警報を発令（7月8日11時40分、警報に切換え）。JR東日本、JR東海、JR四国、JR西日本の一部線区でも終日運休や再開未定が続出している。
JR東日本では、常磐線原ノ町～広野間、東北本線黒磯～新白河間、水郡線常陸大子～安積永盛間、磐越東線（郡山～いわき）、中央本線辰野～塩尻間で再開の目途が立っていない。
JR東海では、飛騨川の氾濫により高山本線美濃太田～猪谷間で7月8日の終日運休が決定。ほかに、中央本線中津川～塩尻間や飯田線長山～駒ヶ根間でも決定しており、中央本線釜戸～中津川間は13時時点で再開未定となっている。
JR西日本では、大糸線南小谷～糸魚川間で7月8日の終日運休が決定。岩徳線（岩国～櫛ケ浜）は勝間～大河内間で法面崩壊が発生しているため、再開の目途が立っていない。また、13時時点で、和歌山線高田～五条間、桜井線（奈良～高田）、湖西線近江舞子～近江塩津間、北陸本線米原～近江塩津間で運行が見合わされている。
中央本線の特急『しなの』も7月8日は始発から運休。JR四国では、予土線（若井～北宇和島）で運行再開の見通しが立っていない。
JR九州では、橋梁流出や土砂流入などの影響で再開まで長期化が見込まれる肥薩線（八代～吉松）、鹿児島本線川内～鹿児島中央間、久大本線豊後森～由布院間、日南線南郷～志布志間のほか、7月8日は、肥薩線吉松～隼人間、吉都線（都城～吉松）、鹿児島本線荒尾～熊本間、久大本線日田～豊後森間・由布院～向之原間、長崎本線（旧線）喜々津～浦上間、大村線（早岐～諫早）、日豊本線杵築～大分間、指宿枕崎線指宿～枕崎間で7月8日の終日運休が決定している。
九州の私鉄や第三セクターでは、再開まで長期化が見込まれる、肥薩おれんじ鉄道八代～川内間、くま川鉄道（人吉温泉～湯前）のほか、西鉄甘木線（宮の陣～甘木）が依然、再開未定となっている。
また、福岡県の平成筑豊鉄道は、田川線犀川～田川伊田間で施設点検のため、7月8日の終日運休が決定している。西鉄天神大牟田線（西鉄福岡～大牟田）と松浦鉄道（有田～伊万里～佐世保）は平常運転に戻っている。
なお、今回の豪雨から遠く離れたJR北海道でも大雨の影響が出ており、13時時点で函館本線黒松内～黒岩間、室蘭本線長万部～静狩間で運行を見合わせている。