JR九州は7月20日、運行再開が8月15日に延期されていたクルーズトレイン『ななつ星in九州』（ななつ星）の代替運行ルートを発表した。
令和2年7月豪雨の影響で、肥薩線や久大本線、肥薩おれんじ鉄道の一部が不通となり、ルートの変更を余儀なくされていた『ななつ星』だが、通常の3泊4日コースでは、日豊本線を南下して久大本線に入り、由布院駅（大分県由布市）で折り返す2日目のルートのうち、別府～由布院間をバスに変更。日豊本線を南下し鹿児島中央駅で折返し肥薩線へ入る3～4日目は、南宮崎駅（宮崎県宮崎市）まで南下し、折り返すルートとなる。
また1泊2日コースでは、2日目で久大本線に入り由布院駅で折り返すルートを、豊肥本線に入り宮地駅（熊本県阿蘇市）で折り返すルートに変更される。
これらのルート変更は2021年3月末までを予定しているが、1泊2日コースのルート変更は、土砂流入のため不通となっている鹿児島本線玉名～肥後伊倉間が、8月8・9日に行なわれる訓練運転までに復旧していることが前提となっている。
