この3連休中も各地の鉄道に大きな爪痕を残した未曽有の大雪だが、連休明けの1月12日も信越地方を中心に運休が続いており、1月13日も次の区間が始発から運休となる。
・羽越本線／新津～新発田（終日）、新発田～酒田（7時頃まで）
・越後線／吉田～柏崎（終日）
・信越本線／新津～長岡（午前中）、長岡～直江津（終日）
・上越線／水上～長岡（終日）
・弥彦線／東三条～弥彦全線（終日）
・飯山線／森宮野原～越後川口（終日）
・只見線／小出～只見（終日）
・米坂線／坂町～今泉（終日）
・磐越西線／五泉～喜多方（終日）
・えちごトキめき鉄道／全線（終日）
・北越急行／くびき～犀潟（終日）
・木次線／木次～備後落合（当面の間運休、木次～出雲横田は1月13日から代行輸送）
このほか、軌道線の富山地方鉄道市内線では、富山駅～富山大学前間と環状線で除雪作業が続いており、1月12日時点で運行再開の目途は経っていない。また、JR北海道では留萌本線深川～留萌間、JR西日本では大糸線南小谷～糸魚川も1月12日は終日運休となっている。
なお、JR北海道では1月8日9時37分頃に、宗谷本線音威子府（おといねっぷ）駅（音威子府村）構内で、「排雪モータカーロータリー」と呼ばれる保線作業用機械が作業中に出火するという、前代未聞のトラブルが発生している。
えちごトキめき鉄道直江津駅の積雪状況。同鉄道では1月13日も終日運休を決めており、1月9日以来、5日連続の全面運休に。