JR貨物は8月31日、長野地区や九州方面への貨物列車を9月5日までに再開する運びになったと発表した。
8月12日以降の大雨の影響で、中央西線木曽平沢～贄川（にえかわ）間や倉本～上松（あげまつ）間で土砂流入が発生し、多治見～塩尻間で貨物列車の運行を見合わせていたが、9月3日に最後まで残っていた倉本～上松間が復旧する予定となり、東海地区から長野地区への輸送が再開される運びとなった。
また、小野田～厚狭（あさ）間で大規模な路盤流出や電化柱の倒壊が発生していた山陽本線は9月5日に復旧する予定となり、新南陽～北九州貨物ターミナル間で運行を見合わせていた貨物列車も同日に再開される運びとなった。
一方、JR東日本の中央本線（中央東線）辰野～塩尻間は、9月7日に再開する予定となっている。
