JR西日本、JR四国、JR九州は9月17日、台風14号接近に伴なう運休情報をアナウンスしている（いずれも9月17日11時時点の情報）。
JR西日本では、山陽新幹線広島～博多間が、広島14時4分発『のぞみ23号』、博多13時39分発『のぞみ34号』を最後に運休。九州新幹線への直通列車については新大阪12時6分発『さくら555号』、鹿児島中央11時34分発『さくら554号』が最終となり、以後、九州新幹線（博多～鹿児島中央）は線内での折返し運行となる。広島以東では、新大阪～岡山間が13時頃から、岡山～広島間が14時頃から1時間に2～6本程度の減便運行となる。
一方、在来線では、次の線区が13時台からを中心に運休となる。
岩徳線・岩国～櫛ケ浜（徳山）全線
宇部線・新山口～宇部間全線
小野田線・宇部新川～小野田間
美祢線・厚狭～長門市間全線
山口線・新山口～益田間全線
山陰本線・江南～田儀間
山陽新幹線広島以西の運休を受けて、九州新幹線は9月17日15時台から線内のみの運行となる。また、次の線区は運休の可能性があるとしている。
北陸本線・近江塩津～金沢間
小浜線・敦賀～東舞鶴間全線
山陽本線・相生～三原、糸崎～岩国間
赤穂線・播州赤穂～東岡山（岡山）間
呉線・糸崎～海田市（広島）間全線
姫新線・佐用（さよ）～新見間
津山線・岡山～津山間全線
因美線・智頭～東津山（津山）間
吉備線（桃太郎線）・岡山～総社間全線
宇野線・岡山～宇野間全線
本四備讃線（瀬戸大橋線）・茶屋町（岡山）～児島間
伯備線・倉敷（岡山）～上石見間
福塩線・福山～塩町（三次）間全線
芸備線・新見～広島間全線
可部線横川（広島）～あき亀山間全線
瀬戸大橋線は9月17日21時以降、終日運休に。写真の快速『マリンライナー』も下り列車が影響を受ける。このほか、和歌山線五条～和歌山間、紀勢本線（きのくに線）新宮～和歌山～和歌山市間は9月18日早朝から運休の可能性があるとしている。
JR四国では、本四備讃線（瀬戸大橋線）児島～宇多津間が21時以降に運休するほか、土讃線須崎～窪川間、予土線近永～若井（窪川）間が終日運休となっており、予讃線伊予三島～新居浜間については昼過ぎから9月18日未明にかけて運休や遅延が発生する可能性があるとしている。
台風の進路に近い筑肥線は依然、運行を見合わせている。JR九州では、筑肥線姪浜～唐津（西唐津）間全線、大村線早岐～諫早間、日南線田吉～志布志間で運行を見合わせている。鹿児島本線荒尾～玉名間も13時頃から運行を見合わせる。
このうち土砂流入が発生している日南線青島～志布志間は再開までに時間を要するとして、9月17日は終日運休となる。