8月5日も大雨の影響で、JR東日本、JR西日本の各線区で運行見合せが続いている（情報はいずれも12時30分時点で確認したもの）。
JR東日本秋田支社では大規模な盛土流出が発生している奥羽本線東能代～大館間について、再開までに10日前後を要する見通しとしており、一部列車に対してバス代行輸送を実施している。
これにより、特急では秋田～青森間の『つがる』が弘前～青森間の運転となっており、秋田～青森間の臨時『ねぶたまつり1・2号』が運休する。
また、五能線岩館～深浦間では橋梁の損傷が確認されており、こちらも再開までに10日前後を要する見込みとしているが、代行輸送は行なわれていない。
これにより同線を通過する快速『リゾートしらかみ』3往復のうち1・2・4・5号の2往復が秋田～深浦間を運休。3・6号の1往復は全区間運休となっている。
津軽線蟹田～三厩（みんまや）間や羽越本線新発田～村上～あつみ温泉間も終日運休が続いており、羽越本線新発田～村上間については再開の見込みが立っていない。このため、特急『いなほ』全列車と観光列車『海里』が運休している。
喜多方～山都間の濁川橋梁が倒壊した磐越西線では喜多方～野沢～馬下間、米坂線では坂町～米沢間全線も終日運休が続いており、喜多方～野沢間と米坂線は再開の見込みが立っていない。これにより、磐越西線のSL列車『ばんえつ物語』が全区間運休となっている。
JR米坂線と今泉駅（山形県長井市）で接続する山形鉄道フラワー長井線も終日運休が続いている。
一方、JR西日本では北陸本線近江塩津～金沢間で運行を見合わせており、線路設備の一部が被災している敦賀～武生間は終日運休する。残る近江塩津～敦賀間は18時頃、武生～芦原温泉間と小松～金沢間は17時頃、芦原温泉～小松間は20時頃の再開を見込んでいる。
また、小浜線では敦賀～東舞鶴間全線で運行を見合わせており、敦賀～小浜間は終日運休。降雨が弱まれば小浜～東舞鶴間を15時頃から再開するとしている。福井～九頭竜湖間の越美北線は全線の終日運休が続いている。
強い雨雲は次第に西へ流れ込んできており、広島・山口県内の山陽本線岩国～厚狭（あさ）間、宇部線新山口～宇部岬間、岩徳線岩国～櫛ケ浜（徳山）間、山口線宮野～益田間、錦川鉄道清流線川西（岩国）～錦川間全線が運行を見合わせており、山陽本線岩国～厚狭間は13時頃の再開が見込まれている。
