JR北海道は、長万部～函館間の直行バス『ワッカ函館アクセスバス』を8月10日から25日まで運転する。札幌～長万部間の臨時特急『ワッカ』に接続し、出火事故の影響で減便が続く札幌～函館間の特急『スーパー北斗』『北斗』を補完する格好となる。
『ワッカ』と『ワッカ函館アクセスバス』の運行時刻は、札幌6時57分発～長万部10時20分着・10時40分頃発～函館13時頃着、函館11時30分頃発～長万部13時40分頃着・14時8分発～札幌18時27分着。下り函館発のバスは、道路状況によっては乗換駅を倶知安駅などに変更する場合がある。
JR北海道の主な駅のみどりの窓口か旅行センターで、『ワッカ』の特急券などを提示すれば『ワッカ函館アクセスバス』の切符を購入できる。長万部～函館間の片道運賃は大人1000円、子供500円。