国土交通省は、気象庁が、北朝鮮付近を震源とする、自然地震ではない可能性のある地震波を探知し、北朝鮮が水爆実験に成功したと公表したのに対応して1月6日、「危機管理対策室」を設置した。
地震波の探知した後の1月6日10時53分、官邸も官邸対策室を設置した。
また、内閣総理大臣指示が出されたのを受けて国土交通省は、船舶の安全確保のための措置として同日12時38分、海事関係事業者に対し気象庁による地震波探知情報を提供した。
航空機の安全確保のための措置としても同日12時30分 関係航空事業者に対し気象庁による地震波探知情報を提供した。
