災害による鉄道路線の長期運休区間は、1月末時点で475.5kmだった。2015年12月末時点に比べ29.6km増えた。1月17・23日からの大雪の影響で、西日本を中心に運転の見合わせが相次いだが、中国地方の木次線を除いて全て再開している。
■JR北海道 日高本線 鵡川～様似（北海道） 116.0km
2015年1月の低気圧による高波と9月の台風17号の影響で運休中。バスによる代行輸送が行われている。
■JR東日本 山田線 上米内～川内（岩手県） 51.6km
2015年12月の土砂流入で運休中。岩手県北バスの都市間バス『106急行』への振替輸送が行われている。
■JR東日本 山田線 宮古～釜石（岩手県） 55.4km
2011年3月に発生した東日本大震災の影響で運休中。代行輸送は行われていないが、岩手県北バスと岩手県交通の路線バスが並行して運行されている。
■JR東日本 大船渡線 気仙沼～盛（宮城県・岩手県） 43.7km
2011年3月に発生した東日本大震災の影響で運休中。バス高速輸送システム（BRT）を導入し、線路敷地の一部を活用したバス専用道を走る代行バスが運行されている。
■JR東日本 気仙沼線 柳津～気仙沼（宮城県） 55.3km
2011年3月に発生した東日本大震災の影響で運休中。バス高速輸送システム（BRT）を導入し、線路敷地の一部を活用したバス専用道を走る代行バスが運行されている。
■JR東日本 常磐線 竜田～原ノ町（福島県） 46.0km
2011年3月に発生した東日本大震災と福島第一原子力発電所事故の影響で運休中。2015年1月から代行バスの運行が始まったが、途中駅は全て通過している。
■JR東日本 常磐線 相馬～浜吉田（福島県・宮城県） 22.6km
2011年3月に発生した東日本大震災の影響で運休中。ルートを内陸側に移設する工事が進められている。バスによる代行輸送は不通区間より広い相馬～亘理間で行われている。
■JR東日本 只見線 会津川口～只見（福島県） 27.6km
2011年7月の豪雨で影響で運休中。バスによる代行輸送が行われている。
■大井川鐵道 井川線 接岨峡温泉～井川（静岡県） 10.0km
2014年9月の大雨で発生した土砂崩れの影響で運休中。代行輸送は行われていない。
■JR東海 名松線 家城～伊勢奥津（三重県） 17.7km
2009年10月の台風18号の影響で運休中。バスによる代行輸送が行われている。
■JR西日本 木次線 出雲横田～備後落合（島根県・広島県） 29.6km
2016年1月の大雪で運休中。代行輸送が行われている。
※参考：長崎電気軌道 桜町支線 長崎駅前～公会堂前（長崎県） 0.9km
2015年10月に発生した脱線事故の影響で運休中。桜町支線を走る3号系統が赤迫～蛍茶屋間の全区間で運転を見合わせている。
