国土交通省や鉄道各社局などの発表によると、熊本地震の影響で運休中の鉄道路線は、4月20日18時の時点で500kmを割り、428.7km（営業距離ベース）となった。
●JR線
JR九州 九州新幹線 博多～新水俣 194.1km
JR九州 鹿児島本線 熊本～八代 35.7km
JR九州 豊肥本線 肥後大津～豊後竹田 65.4km
JR九州 肥薩線 八代～吉松 86.8km
JR九州 三角線 宇土～三角（※全線） 25.6km
●私鉄・公営・第三セクター
熊本電気鉄道 菊池線 上熊本～北熊本 3.4km
南阿蘇鉄道 高森線 立野～高森（※全線） 17.7km
九州新幹線のうち新水俣～鹿児島中央間は、所定ダイヤより本数を減らして運転を再開。熊本市電も全線での運転を再開したが、安全確保のため徐行運転を行っており、所定ダイヤに戻るまで時間がかかるとみられる。
送電トラブルで19日の運転を見合わせた熊本電鉄は、上熊本～北熊本間を除き運転している。
