南阿蘇鉄道は4月16日にダイヤ改正を実施する。
平日・土休日とも、午前中に発車する普通列車の時刻が繰り下げられ、高森9時30分発中松行きが10時発に、折返しの中松10時発高森行きが10時20分発となる。
また、8月31日までは、2016年4月に熊本地震が発生してから1年を迎えるのを機に、「がんばれクマモト！ マンガよせがきトレイン」が運行される。この列車は、小学館の各誌で活躍している漫画家・原作者117人が描いた応援イラストをラッピングしたもので、4月15日から運行が開始される。改正後は、平日が定期列車（高森11時30分発中松行き、中松12時00発高森行き）で運行。土休日は定期列車（高森10時発中松行き、中松10時20分発高森行き）としてのほか、単独の臨時列車としても運行される。臨時列車の時刻は、高森13時15分発・中松13時36分着、中松13時45分発・高森14時10分着。
トロッコ列車の「ゆうすげ号」は、改正前と同じ時刻で運行され、土休日のみ2往復する。
なお、中松～立野間は、熊本地震の影響で引き続き運休となる。
