超大型で非常に強い台風21号の影響により、日本の広い範囲で鉄道各線の運転見合わせが相次いだ。国土交通省がまとめたところによると、10月23日は5時30分時点で55事業者の187路線が運転を休止。10月24日5時30分時点では10事業者23路線が運休した。
施設の被害も近畿地方を中心に発生した。JRでは、紀勢本線の佐奈（三重県多気町）～栃原（大台町）間で線路の道床が流出。新宮駅（和歌山県新宮市）や紀伊勝浦駅（那智勝浦町）でも一部の設備が水につかった。湖西線は近江舞子～比良間（大津市）でコンクリート製の柱が倒壊した。
関西大手の南海電気鉄道は、南海本線の樽井（大阪府泉南市）～尾崎（阪南市）間で橋梁の橋桁が傾いた。高野線でも上古沢駅構内（和歌山県九度山町）で道床が流出。近畿日本鉄道（近鉄）は、奈良県内の大阪線榛原～室生口大野間（宇陀市）と生駒線竜田川（平群町）～勢野北口（三郷町）間で土砂が流入した。
このほか、近江鉄道本線（水口・蒲生野線）の日野（滋賀県日野町）～水口松尾（甲賀市）間で土砂流入、WILLER TRAINS（京都丹後鉄道）も宮津線（宮舞線）の四所～西舞鶴間（京都府舞鶴市）で道床流出が起きている。
10月24日14時～14時30分に確認した運休区間は以下の通り（台風21号以外の災害などによる運休を除く）。
●JR東海
紀勢本線 多気～新宮 ※10月25日再開見込み
●JR西日本
湖西線 堅田～近江今津
関西本線 亀山～加茂
紀勢本線（きのくに線） 新宮～串本
福知山線 篠山口～福知山 ※10月24日19時00分以降再開見込み
山陰本線 園部～綾部 ※10月25日初発再開見込み
舞鶴線 綾部～東舞鶴
●小湊鉄道
小湊鉄道線 上総牛久～上総中野
●近畿日本鉄道（近鉄）
生駒線 王寺～東山
●南海電気鉄道
南海本線 樽井～尾崎
高野線 高野下～極楽橋
●近江鉄道
本線（水口・蒲生野線） 日野～水口
●WILLER TRAINS（京都丹後鉄道）
宮津線（宮舞線） 西舞鶴～四所
