JR九州は12月13日、2020年3月14日にダイヤ改正を実施すると発表した。
在来線では、福岡・九州地区（鹿児島本線門司港～荒木）に新鋭の821系電車を追加投入。博多8時27分着の南福岡行きが新たに821系化される。
また、香椎線（香椎～西戸崎）では博多直通列車が平日朝7時台に1本設定され、蓄電池駆動式車両のBEC819系「DENCHA」が運用される。
長崎地区では、ハイブリッド車のYC1系が投入され、佐世保線早岐～佐世保間、大村線（早岐～諫早）、長崎本線諫早～長崎間で運用される。
なお、長崎本線ではダイヤ改正後の2020年3月28日に浦上～長崎間約2.48km部分が高架化され、長崎市内の長崎駅と浦上駅も高架化。4か所の踏切が解消される。
在来線ではこのほか、指宿枕崎線の鹿児島中央発や宮崎空港線の宮崎空港発で10～16時台をパターンダイヤ化し、豊肥本線大分～中判田間では普通列車の増結を実施。肥薩線の観光列車『かわせみ やませみ1・2号』は定期運行を取り止め、繁忙期のみの運行とする。
一方、九州新幹線では、熊本駅（熊本市西区）と鹿児島中央駅（鹿児島県鹿児島市）で14時台の上り発車時刻が調整され、熊本駅はおおむね20分間隔、鹿児島中央駅はおおむね30分間隔となるほか、臨時列車の新大阪18時6分発『みずほ613号』、鹿児島中央10時49分発臨時『みずほ606号』が定期化される。
