10月7日夜の地震で車両が脱線し不通になっていた東京都交通局「日暮里・舎人ライナー」は、12日始発から通常運行を再開した。脱輪車両はクレーン車により高架から搬出した。
事故の発生日時は地震発生とほぼ同じ10月7日の22時41分頃。日暮里駅発・見沼代親水公園駅行きの列車が舎人公園駅を舎人駅に向けて出発して間も無く、地震の影響により先頭車両が脱線した。この事故で旅客3名が負傷、うち2名が救急搬送された。日暮里・舎人ライナーは地震発生後から全線不通となった。
以後、復旧見込みの立たない状況が続き、全線運休も続いた。緊急点検の結果、車両および走行に必要な地上設備の損傷が確認された。脱輪車両はクレーン車により高架から搬出・収容することとし、作業は9日に終了した。
11日始発から全線で運行を再開、と予定が発表されたのは10日夜。ただし地震の影響で複数の車両に損傷があるため、11日は始発からは通常ダイヤで運行し、朝ラッシュ時間帯（午前7～10時）は、通常ダイヤよりも1割ていど少ない運行本数となった。10時過ぎから平常運転となった。
