スカイマークは、3月27日から始まる2016年夏ダイヤの運航計画を発表した。
現行は経由便を含めて68便を運航しているが3月27日から1日に61便に減便、7月1日から66便とし、10月3日からは63便となる。
羽田＝長崎線を1日4便から2便に減便する。名古屋＝札幌（新千歳）線は1日3便から2便に減便するが、7月1日から10月2日の間は3便で運航する。
神戸＝茨城線は1日3便から2便、神戸＝長崎線を1日4便から2便、福岡＝札幌線を1日2便から1便に減便する。
神戸＝那覇線は1日2便から1便に減便するが、7月1日から2便に戻す。名古屋（中部）＝札幌線は1日3便から2便に減便するが、7月1日から10月2日までは3便で運航する。名古屋＝那覇線は1日2便から7月1日から3便に増便する。
茨城＝那覇線は現在経由便を1日1便で運航しているが、直行便を1日1便追加で運航する。
羽田＝札幌線は、従来通り1日8便で運航するが、7月1日から10月2日まで9便で運航する。羽田＝那覇線も1日6便で運航するが7月1日から10月2日まで7便に増便する。
一方、全日本空輸（ANA）とのコードシェア（共同運航）提携することで合意していたが、コードシェアする便は2016年夏ダイヤでは固まらず、先送りした模様。
