災害による鉄道路線の長期運休区間は、5月末時点で4月末と同じ計498.5kmだった。熊本地震で被災した鉄道路線のうち、JR九州の豊肥本線と南阿蘇鉄道の高森線は、依然として全線再開のめどが立っていない。
豊肥本線は熊本～大分間148.0kmのうち、肥後大津（熊本県大津町）～豊後荻（大分県竹田市）間52.6kmの運休が続いている。代行輸送は5月9日以降、運休中の全区間で確保され、肥後大津～宮地（熊本県阿蘇市）間と宮地～豊後荻間に分けて代行バスが運転されている。肥後大津～宮地間の代行バスは朝夕の通勤通学時間帯のみの運転で、瀬田・立野両駅は通過している。
南阿蘇鉄道の高森線は、立野（熊本県南阿蘇村）～高森（高森町）間17.7km全線での運休が続く。南阿蘇鉄道は7月中旬にも被害の少なかった中松～高森間7.2kmの運転を再開し、長陽～中松間5.8kmも1年以内の再開を目指す方針。一方、立野～長陽間4.7kmは被害が大きく、再開のめどはたっていない。
福島第一原発事故による避難指示区域を通る常磐線竜田（福島県楢葉町）～原ノ町（南相馬市）間46.0kmでは、南相馬市内の小高～原ノ町間9.4kmのみ7月12日の避難指示解除に合わせて再開することが決まった。
