日本列島とサハリンを縦断して温帯低気圧に変わった台風18号の影響により、各地の鉄道路線が運休している。国土交通省が9月19日5時30分時点の情報としてまとめたところによると、5事業者で15路線が運休した。同日15時時点でまとめた運休区間は以下の通り。
●JR北海道
函館本線 長万部～倶知安
根室本線 厚岸～根室
●WILLER TRAINS（京都丹後鉄道）
宮津線（宮舞線） 栗田～宮津
宮津線（宮豊線） 網野～小天橋
●JR四国
予讃線 多度津～詫間
●JR九州
日豊本線 臼杵～延岡
豊肥本線 阿蘇～中判田
JR北海道の函館本線と根室本線は、遅くとも19時頃までに運転が再開される見込み。それ以外の各線は土砂流入など大きな被害が発生しており、バスによる代行輸送が行われている。
予讃線は、海岸沿いを通る海岸寺～詫間間で護岸が流出。同区間を含む多度津～詫間間で代行バスが運行されている。予讃線を運営するJR四国は「復旧には長期間を要する見込み」としている。日豊本線と豊肥本線を運営するJR九州も「複数の箇所で線路災害が発生していることから、運転再開には時間を要する見込み」としている。