JR西日本は7月11日、平成30年7月豪雨で被災した線区のうち、復旧までに1か月以上を要すると想定される線区を次のようにまとめた。
■山陽本線／三原～海田市・柳井～徳山。
■姫新線／上月～新見。
■津山線／野々口～牧山。
■伯備線／豪渓～上石見。
■芸備線／新見～下深川。
■福塩線／府中～塩町。
■因美線／津山～智頭。
■呉線／三原～海田市（全線）。
■岩徳線／岩国～櫛ヶ浜（全線）。
これらの線区では、大半が土砂流入や斜面崩壊、盛土流出といった被害が起きているが、電化区間の山陽本線や伯備線では変電所が水没するという深刻な事態に陥っている。
そのため、伯備線を通過する特急『やくも』と特急『サンライズ出雲』（東京～岡山間で併結する『サンライズ瀬戸』を含む）、因美線を通過する特急『スーパーいなば』の全面運休が続いている。
これらの状況を受けてJR西日本では、山陽本線については、山陽新幹線新倉敷～広島間と新岩国～徳山間で『ひかり』『こだま』の普通車自由席に限り、普通乗車券で利用できる代替輸送を実施している。
一方、橋りょう流出で予讃線本山～観音寺間が不通となっているJR四国では、7月11日から当面の間、同区間を通過する『しおかぜ』『いしづち』などの特急のうち、岡山・高松～多度津間と観音寺～松山間のそれぞれで上下各7本が部分運休する。
また、普通列車は児島～多度津間で8本、高松～坂出間で2本、観音寺～伊予西条間で12本を運休としている。
土砂流入により、高山本線の飛騨金山～下呂間と飛騨古川～猪谷間で運転を見合わせているJR東海では、同区間を通過する特急『（ワイドビュー）ひだ』を7月11日以降全面運休としている。これらの区間では現地の詳細な情報すら掴んでいない状況で、復旧の見込みはまったく立っていない。
JR九州では、運転を見合わせている肥薩線のうち、当初、代替輸送を行なっていなかった人吉～吉松間で、7月11日から朝・夕方の上下各1本でタクシーによる代替輸送を開始している。
JR貨物では、山陽本線、伯備線、予讃線の復旧見込みが立たないことから、倉敷～新南陽・伯耆大山間、宇多津～松山間で貨物列車の運行を中止している。
