長崎電気軌道（長崎電軌）は4月21日、同日午後に3号系統の蛍茶屋発赤迫行きが諏訪神社～市民会館間で脱線した事故の原因を明らかにした。
同区間では2016年6月以来、5度目の脱線事故となったが、長崎電軌では「このような重大事故を再発させてしまったことを大変重く受け止めています」と陳謝した上で、今回の事故は、ポイントで進路を選別する際の不適切な取扱いが原因で、ポイントを含む、レールや信号などの設備に異常がないことを点検で確認したとしている。
これを受けて3号系統は4月22日始発から平常運行に戻っている。