緊急事態宣言の発出を受けて、1月14日から15日にかけても全国の鉄道事業者から対応が相次いで発表されている。
JRグループでは、JR西日本が富山～金沢間で運行している北陸新幹線『つるぎ』と、『サンダーバード』『くろしお』『こうのとり』『きのさき』『はしだて』『まいづる』といった在来線特急の定期列車減便、『こうのとり』『かにカニはまかぜ』といった臨時列車の運休を発表。実施は2月1日から当面の間としている。
JR九州では『ななつ星in九州』のうち、1月16日～2月6日出発分7本の運休を発表。合わせて、1月16日から『ゆふいんの森』『かわせみ やませみ』『しんぺい』『36ぷらす3』、1月18日から『A列車で行こう』『あそぼーい！』といった観光列車で当面の間、酒類の販売時間を11～19時とする。
一方、私鉄では、東武鉄道（東武）がSL運行の一部自粛を発表。1月16日に予定していた『SL大樹9・10号』のイルミネーション運行を中止する。
東武日光発着の『SL大樹ふたら』については、1月16日に旅行商品として運行するものの、2月6日と3月13日は『SL大樹1・2・5号』として、下今市～鬼怒川温泉間の運行に変更。3月8日の『SL大樹』と3月20・21日の『DL大樹』は運休となる。
秋田県の秋田内陸縦貫鉄道では、1月25日から3月31日まで急行『もりよし』を減便。1号を全区間運休、2号を阿仁合→鷹巣間に区間変更し、3号とともに料金不要の快速として運行する。角館15時33分発の快速は阿仁合まで運休となり、土日曜に『もりよし』で運用していた観光列車『笑EMI』は一般列車での運用に変更する。車内の観光アテンダント乗務は中止される。
新潟県のえちごトキめき鉄道では、観光列車『えちごトキめきリゾート雪月花』を1月16日～2月7日に運休する。
このほか、終発の繰上げが神奈川県の横浜市営地下鉄（1月20日から、ブルーラインは平日のみ）、千葉県の小湊鐡道（1月16日から）、茨城県の関東鉄道（常総線取手～水海道間で1月23日から）、長野県の長野電鉄（春から）でも発表されている。
なお、JR東海は1月15日、「新型コロナウイルス感染症の拡大等の影響に伴い、会社発足以来の厳しい経営環境になっており、列車の運転計画の変更等により一時的に業務量が減少すること及び社員の感染防止の観点から」として、1月25日から2月28日まで社員の一時帰休を実施することを労働組合に提案したと発表している。
対象は、駅や運輸所、車両所・工場などの勤務者で、1日あたり400人規模で実施するという。
