8月3日は東北地方北部で記録的な大雨が続いており、鉄道の運休が相次いでいる（いずれも12時時点の確認情報）。
新幹線については、秋田新幹線が秋田発上りが14時頃まで、盛岡発下りが15時頃まで運行を見合わせる。山形新幹線では山形～新庄間で12～18時頃に遅れや運休が発生する可能性があるとしている。
また、北海道新幹線奥津軽いまべつ駅（青森県今別町）では周辺で冠水が発生しており、駅前広場と駅舎1階部分が浸水している。駅の利用はできないが、列車の運行には支障がないとされている。
新幹線以外では、次の線区が終日運休または部分運休している。
■大湊線・津軽線・八戸線
終日運休。
■奥羽本線
新庄～院内間が終日運休。院内～秋田間は夕方まで、秋田～碇ヶ関間は20時頃まで運休。碇ヶ関～弘前間では減便の上、折返し運行。
■五能線
能代～川部（弘前）間が終日運休。東能代～能代間では減便の上、折返し運行。
■花輪線
好摩（盛岡）～大舘間全線が18時頃まで運休。
■羽越本線
村上～酒田間で運行を見合せ中。余目～酒田間の陸羽東線代行バスは15時頃から運休。酒田～新屋間は20時頃まで運休。新屋～秋田間では減便の上、折返し運行。
■男鹿線
追分（秋田）～男鹿間全線が夕方まで運休。
■山田線
盛岡～上米内間が17時頃まで運休。上米内～宮古間は終日運休。
■釜石線
下り線が14時頃まで運休。
■大船渡線
一ノ関～気仙沼間全線が16時頃まで運休。
■陸羽東線
鳴子温泉～新庄間は18時頃まで運休。古川～鳴子温泉間は12～18時頃に運休。
■米坂線
羽前椿～坂町間で運行見合せ中。
■弘南鉄道
弘南線（弘前～黒石）、大鰐線（中央弘前～大鰐）ともに運行見合せ中。
■青い森鉄道
目時～青森間全線で運行見合せ中。
■秋田内陸縦貫鉄道
角館～鷹巣間全線で運行見合せ中。
