JR九州は4月17日、翌18日の運行計画（17日18時時点）を発表した。九州新幹線や熊本県内の在来線を中心に、引き続き運転を見合わせる。
発表によると、脱線事故が発生した九州新幹線は全区間で終日運転を見合わせる。JR九州は「脱線車両の復旧のほか、被害のあった設備等の調査・復旧に努めていますが、余震が続いていることもあり、復旧の目途は立っておりません」としている。
在来線は、豊肥本線熊本～豊後竹田間や肥薩線八代～吉松間、三角線宇土～三角間で終日運転を見合わせる。鹿児島本線は鳥栖～荒尾間で本数を減らして運転。荒尾～熊本間は初発から運転を見合わせる。熊本～八代間は終日運転を見合わせる。
線路内に土砂が流入した豊肥本線の再開について、JR九州は「かなりの時間を要する見込み」としている。同線は水害による長期不通が過去に何度か発生しており、最近では2012年7月の九州北部豪雨で線路が流出。宮地～豊後竹田間が2013年8月まで運休した。
在来線の特急列車や観光列車は、『有明』を吉塚・博多～大牟田間で運行し、大牟田～長洲間は運休する。ただし『有明5号』は全区間で運休する。『A列車で行こう』『あそぼーい！』『SL人吉』『いさぶろう・しんぺい』『九州横断特急』『或る列車』は終日運転を見合わせる。このほか、高速バスの『B＆Sみやざき』も終日運転を見合わせる。これ以外の在来線特急や観光列車は所定通り運行する。
■運休距離は約600kmに
4月17日19時までにまとめた、熊本地震による運休区間は以下の通り。総延長618.0km（営業距離ベース）で運転を見合わせている。これ以外の区間でも、一部で遅れや減便などが発生している。
園内に入場者輸送用のケーブルカーがある岡本製作所経営の遊園地「別府ラクテンチ」は、4月20日から営業を再開する予定。
●JR線
JR九州 九州新幹線 博多～鹿児島中央（※全線） 288.9km
JR九州 鹿児島本線 荒尾～八代 80.7km
JR九州 豊肥本線 熊本～豊後竹田 88.0km
JR九州 肥薩線 八代～吉松 86.8km
JR九州 三角線 宇土～三角（※全線） 25.6km
●私鉄・公営・第三セクター
熊本市交通局 幹線 熊本駅前～水道町（※全線） 3.3km
熊本市交通局 水前寺線 水道町～水前寺公園（※全線） 2.4km
熊本市交通局 健軍線 水前寺公園～健軍町（※全線） 3.0km
熊本市交通局 上熊本線 辛島町～上熊本駅前（※全線） 2.9km
熊本市交通局 田崎線 田崎橋～熊本駅前（※全線） 0.5km
熊本電気鉄道 菊池線 上熊本～御代志（※全線） 10.8km
熊本電気鉄道 藤崎線 藤崎宮前～北熊本（※全線） 2.3km
南阿蘇鉄道 高森線 立野～高森（※全線） 17.7km
肥薩おれんじ鉄道 肥薩おれんじ鉄道線 八代～肥後高田 4.8km
岡本製作所 別府ラクテンチケーブル線 雲泉寺～乙原（※全線） 0.3km
